Uma das saídas mais polêmicas da história recente do Botafogo foi a de Willian Arão para o Flamengo. Havia no contrato do volante uma cláusula para renovação automática mediante o pagamento de um valor. O Glorioso chegou a acioná-la, mas Arão recusou, pois tinha uma proposta do Rubro-Negro. Na Gávea, ele foi peça importante nas conquistas do Brasileirão e da Libertadores em 2019, entre outros títulos.
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Porém, a disputa entre Arão e Botafogo seguiu na justiça, e o clube levou a melhor, obrigando o jogador a pagar R$ 5,5 milhões pela transferência ao Flamengo, em janeiro de 2016. Segundo o jornalista Matheus Mandy, o valor ainda não foi pago, pelo fato de Willian Arão ainda tentar alguns recursos como Embargos de Divergência.
De acordo com a mesma fonte, a Justiça vetou por unanimidade todos os Embargos de Divergência enviados por Willian Arão. No fim de 2015, o Botafogo tentou pagar R$ 400 mil para a renovação automática do jogador, que recusou. No valor a ser pago por Arão, será descontada essa quantia.
Arão foi campeão da Série B com o Botafogo em 2015
Ele foi um dos principais jogadores do Glorioso na primeira conquista da Série B do Campeonato Brasileiro, em 2015. Nas três vezes em que foi rebaixado à segunda divisão, o Botafogo retornou logo no ano seguinte em todas, sendo duas delas como campeão: além de 2015, em 2021.
